Papua yang berbatasan dengan negara-negara yang menjadi kekuatan ekonomi potensial mulai dari Filipina di sebelah utara, yang merembet ke Hong Kong, Taiwan, Jepang, hingga kepulauan Pasifik dan Benua Amerika di sebelah timur dan di selatan berhadapan dengan Timor Leste dan Australia. Selain itu Papua kaya akan keanekaragaman hayati. Tanah yang subur di iklim tropis dan hujan turun di hampir di sepanjang musim merupakan faktor agroklimat yang sangat cocok untuk pengembangan berbagai komoditas tanaman industri, baik kehutanan, hortikultura, maupun untuk tanaman pangan. Kekayaan sumber daya mineral dan energi sudah menjadi pengetahuan umum. Besi, tembaga, emas, batu bara, minyak bumi, sampai gas alam adalah kekayaan alam yang bisa menyokong infrastruktur.

Perkembangan dunia menyebabkan semakin tingginya persaingan antarnegara dan institusi dalam memperebutkan sumber-sumber ekonomi bagi kemakmuran. Konsekuensi logis dari kondisi tersebut adalah sebuah negara yang kaya dengan sumber daya akan menjadi rebutan dan wahana persaingan. Begitu pula Papua yang merupakan salah satu pulau yang kaya sumber daya alam di Indonesia. Dampak dari persaingan adalah meningkatnya ketidakstabilan keamanan. Untuk itu, kontrol pemerintah sangat penting dalam menciptakan situasi aman dan kondusif bagi terpeliharanya kemakmuran dan keamanan rakyatnya. Hal lain penyebab ketidakstabilan di Pulau Papua adalah

ketertinggalan pembangunan jika dibandingkan dengan daerah lain. Ketidakpuasan masyarakat sering dijawab dengan kebijakan yang kurang memperhatikan nilai-nilai lokal sehingga sering melahirkan konflik yang berkepanjangan.
Otonomi daerah dalam rangka percepatan pelayanan pemerintah guna pencapaian kesejahteraan masyarakat belum bisa berjalan dengan baik karena tidak dibarengi dengan pembangunan sumber daya manusia (SDM) dan pembenahan sistem birokrasi yang efisien. Pemerintah didesak untuk mengeluarkan peraturan pemerintah yang berisi mekanisme inplementasi UU No 21 Tahun 2001 tentang otonomi khusus Papua.

Kekecewaan masyarakat terhadap pemerintah yang berkepanjangan menumbuhkan sikap apatis dan disintegratif sebagian masyarakat Papua. Bila kita melihat sejarah, konflik yang terjadi di Papua awalnya berupa konflik komunal yang terjadi secara tradisi, yang timbul dari persaingan antarsuku dalam memperebutkan wilayah kekuasaan. Konflik tradisi berkembang menjadi lebih kompleks sejalan dengan proses depolitisasi elite masyarakat Papua dalam memperebutkan posisi sosial politik. Keterbelakangan pendidikan, kemiskinan, dan kesenjangan antara masyarakat lokal dan pendatang menjadi pemicu konflik baru di Papua. Isu-isu itu menjadi komoditas yang sangat mudah dikelola oleh berbagai pihak, terutama yang berkaitan dalam penguasaan sumber daya alam. Kompleksitas konflik semakin akut karena penanganan yang lamban dan tidak mengena pada akar masalah.